इस शिवलिंग की स्थापना शिव के पराक्रमी गण 'नंदीषेण' ने की थी, जिसका प्रामाणिक उल्लेख स्कंद पुराण के काशी खंड (अध्याय 53-54) में प्राप्त होता है।

स्कंद पुराण के काशी खंड (अध्याय 53-54) के अनुसार, नंदीशेनेश्वर शिवलिंग की स्थापना भगवान शिव के अत्यंत पराक्रमी और निष्ठावान गण 'नंदीषेण' ने की थी।

कथा के अनुसार, जब भगवान शिव ने राजा दिवोदास के राज्य में दोष निकालने के लिए अपने गणों को काशी भेजा, तो नंदीषेण काशी के आध्यात्मिक वैभव और मोक्षदायिनी शक्ति से मुग्ध होकर वहीं रुक गए।