इसकी स्थापना भगवान शिव के प्रिय 'कुक्कुट' नामक शिव गण ने की थी। इसका वर्णन स्कंद पुराण के काशी खंड (अध्याय 53) में मिलता है, जहाँ कुक्कुट गण काशी की दिव्यता से मोहित होकर यहीं बस गए और शिवलिंग स्थापित

कुक्कुटेश्वर लिंग की स्थापना का प्रामाणिक विवरण स्कंद पुराण के 'काशी खंड' में प्राप्त होता है।

पौराणिक कथा के अनुसार, जब राजा दिवोदास के शासनकाल में भगवान शिव मन्दराचल पर्वत पर थे, तब उन्होंने काशी की स्थिति जानने के लिए अपने विश्वस्त 'शिव गणों' को समूहों में भेजा।